Мы придерживаемся такого подхода, когда для разделения сложной логики, применяются ссылки на отдельные запросы. В нашем случае это абсолютно оправдано, иначе работать с книгой было бы невозможно. Из чего совершенно ясно, что проблема возникала при обновлении.
В дальнейшем мы поняли, что если обновлять отдельные запросы, которые действительно загружают данные, никаких трудностей, возникающих при использовании кнопки Refresh All, не было. Значит источником проблемы являлись запросы, которые не загружали данные в книгу.
И Power Query и Power BI загружают предварительный просмотр данных в окошко Query Editor. При щелчке по Refresh All произойдёт загрузка предварительного просмотра для всех запросов. А это займёт все ресурсы центрального процессора и памяти. Чтобы избежать этого, нужно убрать галку с параметра настроек Allow Data Preview To Download In The Background, появившийся в версиях Power BI в январе 2016, и Power Query/Get & Transform в Excel.
В экселе этот параметр доступен в диалоге Query Options: